Tout au long de sa carrière dans l'industrie et le milieu universitaire, ses recherches se sont concentrées sur l'utilisation des données génétiques et génomiques ainsi que sur le calcul haute performance et les outils analytiques avancés pour répondre aux besoins biomédicaux et améliorer le traitement clinique.
Après avoir terminé son doctorat en 1998, Andrew Kasarskis travaille à l'Université de Stanford pendant deux ans, contribuant au développement de diverses bases de données génomiques. En 2000, il entre dans l'industrie, travaillant en biologie computationnelle chez DoubleTwist et plus tard chez Rosetta Inpharmatics (acquis par Merck Research Laboratories). Son travail là-bas se concentre sur la génération et l'exploration d'ensembles de données biologiques complexes et sur l'utilisation de ces informations pour construire, prédire et modéliser des maladies humaines. Kasarskis a également travaillé pour Sage Bionetworks et Pacific Biosciences avant de retourner dans le milieu universitaire[4].
En 2011, il devient vice-président du département de génétique et des sciences génomiques de l'école de médecine Icahn du mont Sinaï et codirecteur, avec Eric Schadt, de l'Institut Icahn de génomique et de biologie multi-échelles, où les recherches de Kasarskis se concentrent sur l'amélioration des résultats en matière de santé grâce à une meilleure exploration des données, et son programme de recherche comprend la surveillance des agents pathogènes basée sur le séquençage ; pharmacogénomique; dossiers de santé électroniques; et la biologie systémique du sommeil, du comportement et du stress[2]. En 2019, il est nommé directeur des données et vice-président exécutif du Mount Sinai Health System[5], où il dirige les efforts visant à améliorer l'infrastructure des données cliniques[6] et à exploiter les données pour améliorer les résultats des patients tout en accélérant la recherche et l'innovation[5],[7].
Andrew Kasarskis est connu pour avoir dirigé le premier cours d'études supérieures qui a permis aux étudiants en médecine et au doctorat de séquencer et d'analyser entièrement leurs propres génomes, avec les co-instructeurs Michael Linderman, George Diaz, Ali Bashir et Randi Zinberg. Il a déclaré que des cours comme celui-ci seront essentiels pour former des équipes de personnes capables d'effectuer ce type d'analyse dans un cadre médical. Il a choisi le séquençage de génome complet car il s'attend à ce que le séquençage plus limité de l'exome ne soit pas une approche technologique pertinente à long terme[3].
Il a appelé à des améliorations des protocoles de consentement éclairé dans la recherche sur les patients sur la base du concept selon lequel les études impliquant l'ADN ne peuvent pas être totalement anonymes. Il a été cité dans la revue Nature en disant : « Nous devons aller au-delà de l'hypothèse selon laquelle vous ne pouvez pas être identifié à partir des données qui existent à votre sujet et travailler vraiment pour nous assurer que nous protégeons les droits des personnes de manière à nous permettre d'utiliser les données qui sont là pour le bénéfice des individus et des chercheurs[8] ».
En 2019, il rejoint une étude collaborative de cinq ans avec Mount Sinai Health System, Sanofi et Sema4, visant à fournir des informations sur les mécanismes biologiques de l'asthme en utilisant divers ensembles de données telles que des données cliniques, génomiques, environnementales immunologiques et des données de capteurs de dispositifs pour effectuer une modélisation réseau poussée de la maladie. Il rapporte que la compréhension de la base moléculaire des sous-types cliniques d'asthme dans l'étude permettrait une meilleure gestion de l'asthme et pourrait permettre de découvrir de nouveaux traitements pour cette maladie[9].
En 2020, le programme de surveillance des agents pathogènes moléculaires qu'il avait mis en place avec le Dr Harm van Bakel et d'autres du Mount Sinai Health System a clairement démontré que le SARS-CoV-2, le virus responsable du COVID-19, a été introduit dans la région métropolitaine de New York et non en provenance d'Asie mais principalement d'Europe, avec une certaine contribution d'autres régions des États-Unis[10]. Le document de recherche qui a suivi a été publié dans la revue Science[11].
