Diplômé en histoire et en archéologie à l'Université catholique de Louvain, André Matthys est l'élève de l'archéologue belge Joseph Mertens.
En 1969, il rentre au Centre national de recherches archéologiques en Belgique. En 1977, il est attaché au Service national des fouilles[2].
En 1989, avec la régionalisation de l’archéologie en Belgique, il devient directeur du Service des fouilles de Wallonie, puis aussitôt inspecteur général du patrimoine. Outre son rôle de coordination des directions de la restauration, de la protection et de l’archéologie, il effectue de nombreuses missions en Europe, Afrique, Australie, Canada, Chine, Japon pour l’Unesco. Fondateur d’ « Archaeologia mediaevalis » en 1977, il fait partie du comité permanent de « Château Gaillard » en France et est co-fondateur de « Ruralia » au Royaume-Uni[3].
Dès ses années de formation, il réalise que le Moyen âge réclame une approche archéologique de terrain différente de l’analyse des historiens de l’art. Mais pour pouvoir s’y retrouver dans des stratigraphies sédimentaires, il lui parait indispensable d’avoir une connaissance suffisante de la culture matérielle, à commencer par celle du marqueur chronologique le plus commun : la céramique. Il se frotte à toutes les typo-chronologies encore en gestation entre Rhin et Meuse des périodes entre le XIe et XVe siècles. Il devint sans conteste l’un des meilleurs spécialistes de la céramique médiévale en Belgique. Avec Johnny Demeulemeester, archéologue à l'université de Gand, il est l'un des fondateurs de la castellologie belge[4].
André Matthys est aussi un pourfendeur de la politisation des services du patrimoine au sein de l'administration. Après son accession à la retraite, il signe des cartes blanches dénonçant les dysfonctionnements de l'administration wallonne du patrimoine[5].
André Matthys est élu membre de l'Académie luxembourgeoise en 2008[3].
