Au , il est chargé de la 148ecompagnie sur le vaisseau de 100 canons Hercule en Méditerranée. De 1843 à 1845, il commande la Mésange sur les côtes occidentales d'Afrique et favorise l'installation des premiers établissements français au Gabon. En 1846, sur le Descartes, il sert en Escadre d'évolutions.
Laffon de Ladebat est fait capitaine de frégate le et sert jusqu'en 1852 à la Station du Brésil et de la Plata comme Chef d'État-Major. Il est nommé capitaine de vaisseau le puis fait officier de la Légion d'Honneur. Il commande la Ville-de-Marseille en 1854 puis le vaisseau Napoléon en 1855. Capitaine de pavillon de l'amiral Charner, il se distingue lors des combats autour de Sébastopol[1].
En 1856, il est nommé membre de la Commission de tactique navale puis fait commandeur de la Légion d'Honneur le . En 1858, il est membre du Conseil des travaux de la Marine et, en 1859, Commandant du Tourville, à Cherbourg. Chef d'État-Major de l'amiral Charner, chef de la division des Mers de Chine et du Japon, il se distingue lors des opérations de Peï-Ho. Chef d'état-major des forces de terre et de mer en Cochinchine, il prend part aux attaques de Kin Hoa et Mytho; il est alors promu contre-amiral le .
En 1862, il est Major général du 3earrondissement maritime à Lorient. De 1864 à 1866, plaçant son pavillon à bord de l'Armorique, Laffon de Ladebat commande la Division des côtes occidentales de l'Afrique et gouverne conjointement les Établissements français de la Côte de l'Or et du Gabon. En 1867, il commande la Division navale des côtes d'Italie, lors des conflits entre le Royaume du Piémont et les États pontificaux.
Il est fait vice-amiral le . Membre du Conseil d'Amirauté, il est nommé Directeur du personnel militaire de la flotte au Ministère de la Marine. Il doit cesser ses fonctions à 63 ans à la suite d'un grave accident. Il meurt à Paris le .
