De 2003 à 2004, elle est au département d'État en tant que vice-inspectrice générale.
En août 2004, Anne Patterson est nommée vice-représentante américaine permanente, puis ambassadrice par intérim aux Nations unies, du au , jusqu'à la nomination effective de John R. Bolton.
Du à mai 2007, elle est secrétaire assistante de l'État aux affaires internationales concernant les stupéfiants et l'application de la loi.
