Après avoir suivi ses écoles primaires et secondaires à Baar, Annemarie Huber-Hotz fait une année de stage linguistique à Estavayer-le-Lac, puis part au lycée à Ingenbohl et à Zoug où elle obtient sa maturité en 1968.
En parallèle, entre 1973 et 1975, elle assure la gestion du secrétariat de l’unité de droitallemand de l'Université de Genève, et prend en charge différentes traductions du suédois, norvégien, danois, anglais en allemand pour l’Organisation internationale du travail. Entre 1976 et 1977, elle travaille temporairement à l'office de l’aménagement du territoire du canton de Zoug dans le cadre de projets d’aménagement du territoire.
Annemarie Huber-Hotz en 2007.
À l'instigation de son oncle, le conseiller aux ÉtatsOthmar Andermatt, elle est engagée en 1978 comme collaboratrice du secrétaire-général de l’Assemblée fédérale, chargée du service d’information, puis secrétaire de commissions, puis enfin chargé de la planification des sessions et de la gestion du secrétariat du Conseil des États à partir de 1981. Elle alors porte le titre de secrétaire-générale adjointe des services du parlement. Entre 1989 et 1999, elle assure la direction des services scientifiques de l’Assemblée fédérale.
Elle est élue le au 4etour en tant que chancelier de la Confédération par l’Assemblée fédérale en l'emportant sur le vice-chancelier Achille Casanova (PDC). Première femme élue à ce poste, elle assume ses fonctions du au .
Sous sa direction, la Suisse s'oriente vers le vote électronique généralisé après plusieurs essais réussis.
Elle décède le d'un arrêt cardiaque[1] à l'âge de 70 ans.
