Aqeel Khan a été formé au tennis à l'âge de 7 ans par son père Jamil qui est un cousin éloigné de la légende du squash Jahangir Khan[1]. Son frère cadet Yasir a été sélectionné en Coupe Davis.
Principalement actif sur le circuit ITF sud-asiatique, Aqeel Khan a disputé une quarantaine de tournois professionnels entre 2004 et 2008[2]. Il compte trois titres acquis en catégorie Futures et deux en Satellites, tous remportés en Inde et au Pakistan. Il a disputé un tournoi Challenger à New Delhi en 2008.
Il compte six sélections aux Jeux asiatiques où il n'a jamais dépassé les quarts de finale[3] et a remporté plusieurs médailles aux Jeux de la solidarité islamique en 2005 et 2017[4].
Aqeel Khan reste connu pour sa présence au sein de l'équipe du Pakistan de Coupe Davis. Il détient le nombre record de sélections (plus de 60) et d'années d'ancienneté au sein de l'équipe, ayant débuté en 1998. En 2002, il remporte un match décisif face au chinois Wang Yu qui emmène son pays en première division asiatique. Il permet à l'équipe de s'y maintenir deux ans de suite grâce à des victoires sur le sud-coréen Im Kyu-tae et le néo-zélandais Simon Rea. En 2005, il affronte Fernando González en barrages du groupe mondial (6-0, 6-0, 6-1). Il a également croisé dans la compétition des joueurs tels que Paradorn Srichaphan, Leander Paes et Denis Istomin. À plus de 35 ans, il parvient toujours à obtenir des significatives sur des joueurs tels que Sanjar Fayziev en 2018, Blaž Kavčič en 2020 ou encore Laurynas Grigelis en 2022. Avec son fidèle partenaire Aisam Qureshi, il totalise de nombreuses de victoires en double[5], notamment sur des paires chinoises, néo-zélandaises, thaïlandaises, taïwanaises, slovènes et lituaniennes.
Responsable d'une académie de tennis à Karachi, il a entraîné un temps les équipes de Coupe Davis du Pakistan et du Sri Lanka[4].
Le court central du centre national de tennis d'Islamabad porte son nom depuis 2015[1]. En 2025, il devient avec Qureshi champion du monde en double dans la catégorie des plus de 45 ans.