Les archives cantonales ont été créées dans chaque canton, par les nouvelles administrations au fur et à mesure de leur accession au statut d'État libre ou de leur entrée au sein de la Confédération suisse. Ces dépôts ont parfois évolué en même temps que les cantons, notamment dans les cas de séparation d'un canton ancien en « canton-ville » et en « canton-campagne ». Les premiers étant souvent très centralisés autour d'une ville capitale et de villes alliés, les archives y sont souvent concentrées en un même lieu. Dans les cantons-campagnes, composés de municipalités souvent autonomes entre elles, ce sont les archives communales qui conservent généralement le plus d'archives, mais ces fonds doivent être complétés par les archives privées.
Cette situation n'a pas favorisé l'établissement d'un cadre de classement théorique proposé par l'administration centrale, compte tenu de l'organisation d'un État confédéral. La création par Bonaparte d'une République helvétique (1798-1803) a favorisé l'établissement d'un état unitaire et partant, la mise en place de structures imitant les nouvelles institutions française.
Le contenu des archives cantonales est à étudier au cas par cas, compte tenu de l'histoire propre de chaque canton.
À partir de 1803, le contenu des archives cantonales devient plus uniforme. Selon les cantons, le cadre alphabétique existant a tendance à évoluer avec la fermeture de séries anciennes et l'ouverture de séries nouvelles.
