Il fait fortune en dirigeant les douanes de Lagos, ce qui lui attire une réputation sulfureuse. Pendant près de dix ans, le FBI l'interdit ainsi de séjour aux États-Unis[2].
Lors de la tentative de modification constitutionnelle lancée début 2006 et visant à autoriser le président à pouvoir briguer un troisième mandat, Abubakar s'est rangé dans le camp des opposants. Se plaçant dans l'opposition à son parti et probablement vœu du président Obasanjo. La défaite de la modification constitutionnelle devant le Sénat le a exacerbé les tensions entre Obasanjo et ses opposants au sein du Parti démocratique populaire (PDP), principalement Abubakar et Uche Chukwumerije. Abubakar a demandé la démission d'Obasanjo et a annoncé sa candidature pour l'élection présidentielle de 2007[3].
La candidature d'Abubakar n'est pas choisie par le PDP qui préfère celle d'Umaru Yar'Adua. Abubakar est exclu du parti à la suite de son investiture par le parti Action Congress qu'il contribue à créer. Le , le président Olusegun Obasanjo affirme avoir retiré tous les droits et privilèges dont jouissait Atiku Abubakar en sa qualité de vice-président alors que la veille, le PDP dit considérer le poste comme vacant. Atiku Abubakar, en vacances aux États-Unis, a dénoncé cette destitution et appelé les Nigérians a la considérer comme un coup d’État contre la constitution[4]. Le 20 février 2007, la Cour d’appel d’Abuja considérant que «Selon la Constitution, le chef de l'État n'a pas le pouvoir de déclarer vacante la fonction de vice-président», juge illégale cette destitution[5].
Le , l'agence gouvernementale de lutte contre la corruption (Economic and Financial Crimes Commission), publie une liste de 135 hommes politiques qu'elle juge «inadaptés à tenir un mandat en raison de leur corruption»[6]. Abubakar est nommé dans la liste. Le lendemain, le PDP remplace la plupart des candidats nommés par l'EFCC et demande aux autres partis d'en faire autant[7].
En , Abubakar annonce sa candidature à l'investiture du PDP pour l'élection présidentielle de 2023[13]. Il est investi fin lors de la primaire du PDP[14]. En , Abubakar choisit Ifeanyi Okowa(en), gouverneur chrétien de l'État du Delta dans le sud du pays, comme candidat à la vice-présidence[15].
Abubakar termine 2eau niveau national avec près de 29% des voix, derrière Bola Tinubu qui est élu au premier tour. Sur les 25 millions de votants, Abubakar obtient près de 7 millions de voix. Lors du dépouillement des résultats, les partis d'Abubakar et de Peter Obi, 3edu scrutin, dénoncent des fraudes, critiquent la Commission électorale nationale indépendante (INEC) et demandent l'annulation du scrutin[16]. Obi et Abubakar annoncent aussi leur intention de contester le résultat de l'élection devant la justice[17].
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