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C'est l'un des quartiers les plus anciens de Bilbao. À l'origine, c'était la banlieue sud de la vieille ville médiévale (aujourd'hui Casco Viejo ou Zazpi Kaleak en basque). Actuellement, le quartier est situé entre la Ria de Bilbao, la vieille ville et le quartier de Santutxu.
L'origine du nom est l'union des mots basques Atx (forme dialectale de Haitz) et zuri, qui signifie roche blanche.
À la fin du XVIIIesiècle, le nouvel hôpital de Bilbao est construit à Atxuri, qui fonctionne jusqu'à la construction de l'hôpital Basurto en 1908. En 1914, le bâtiment est réutilisé comme premier siège du musée des Beaux-Arts de Bilbao, qui est transféré en 1945 dans son implantation actuelle. L'ancien hôpital abrite aujourd'hui l'institut Emilio Campuzano.