Le village tire son nom de la rivière et de la source du même nom dans la région. En 1993-2020, Baghirsag était sous le contrôle des forces armées arméniennes. Le , sur la base d'un accord trilatéral entre l'Azerbaïdjan, l'Arménie et la Russie en date du , la région de Kelbajar, y compris le village de Baghirsag, a été restituée sous le contrôle de l'Azerbaïdjan[2].
