L'année suivante, ses performances lui permettront d'intégrer l'Equipe de France Universitaire pour participer aux 29ème Universiades d'été organisées à Taipei du 19 au . Baptiste Mischler atteint la demi-finale sur 800 mètres[2].
En 2018, Baptiste Mischler remporte à nouveau le titre de Champion de France Universitaire de Cross-Country à Vineuil devant Pierrik Jocteur-Monrozier et Krilan Le Bihan[3].
En 2021, il remporte le titre du 1 500 mètres aux Championnats de France d'athlétisme à Angers dans le temps de 3min42s57[4]. Un titre qui le place dans les meilleurs athlètes français en demi-fond quelques semaines après avoir réalisé les minimas olympiques en 3 min 34 s 30 (record personnel et meilleur chrono national 2021 le à Marseille)[5]. Il participe aux Jeux olympiques de Tokyo sur sa distance fétiche du 1500m mais termine 11ème de sa série en 3 min 37 s 53, échouant à moins d'une seconde pour se qualifier pour les demi-finales[6],[7],[8],[9].
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