Le , le Bayern a quitté Wilhelmshaven pour rejoindre l'opération Atalante, la mission de lutte contre la piraterie autour de la Corne de l'Afrique. Elle arriva à destination le , Thomas Jugel prenant le commandement du groupe opérationnel, avec le Bayern comme navire amiral. Le Bayern fut déployé en soutien à l'opération jusqu'au , puis retourna à Wilhelmshaven, où il arriva le . Son déploiement suivant fut celui de navire amiral de Thorsten Kähler, commandant du Standing NATO Maritime Group 2. Ce déploiement dura jusqu'au , après quoi elle participa à des exercices et des manœuvres liés à l'opération Active Endeavour[4].
Le Bayern fut de nouveau déployé le pour rejoindre l'opération Atalante, restant en mission jusqu'à son retour à son port d'attache le . Il retourna à l'opération Atalante le , servant de navire amiral de la flottille de l'amiral Jan Christian Kaack[5]. Ce déploiement dura cinq mois, le Bayern parcourant quelque 32000 milles marins, avant de rentrer à son port d'attache le [6]. Le , le Bayern a quitté Wilhelmshaven pour rejoindre le Standing NATO Maritime Group 2 en mer Égée, remplaçant le navire ravitailleurFrankfurt am Main. Le Bayern devait achever ce déploiement fin [7].
En , le Bayern a été déployé en mer de Chine méridionale afin de «renforcer la présence allemande dans la région indo-pacifique»[8]. Le Bayern est arrivé dans le port de Fremantle le pour une visite d'une semaine, prévue de longue date, devenant ainsi le premier navire de la marine allemande à visiter l'Australie depuis l'escale du Gorch Fock II à Sydney en 1988[9]. Après le refus de la Chine d'autoriser le navire à accoster à Shanghai, la visite du Bayern en Australie a été prolongée jusqu'à Darwin, le navire devant se diriger de Fremantle vers Darwin[10].