Bebeto de Freitas connut un passage rapide au Clube Atlético Mineiro, en tant que manager de 1999 à 2001. Ce passage dans le football lui donna l'envie de diriger le Botafogo, le club de son cœur. Au début de l'année 2002, il accède à la place de directeur du club de Rio de Janeiro, mais se retire rapidement après quelques mois pour pouvoir se porter candidat à la présidence et pour se démarquer de la gestion du président de l'époque, Mauro Ney Palmeiro.
Après la finale de la Coupe Guanabara de 2008, révolté par l'arbitrage, il présenta sa démission au motif qu'il ne «supporte plus les choses qui se passent dans le football carioca»[2].
.jpg)
