Belisario Cristaldi est né à Rome le de Ascanio, membre de l'ancienne famille des barons de Noha, et de Marianna Guglielmi, une noble de Frosinone. Son père, originaire de Nardò dans la province de Lecce, avait hérité en 1756 de tous les biens de son grand-oncle Belisario, Cristaldi, à condition qu'il prenne son nom de famille et s'installe à Rome.
Cadet d'une famille de quatre enfants, il commence ses études au Collegio Romano, qui est alors dirigé par des prêtres séculiers après la suppression de la Compagnie de Jésus.
À la fin de ses études, il exerce diverses fonctions au sein de la Curie romaine, notamment à la chambre apostolique. Avec le cardinal Ercole Consalvi, il participe an 1815 à la préparation du rétablissement du gouvernement papal dans les provinces «di seconda recupera», les Marches et les légations[1].