Né posthume, il succède à son père dès sa naissance et sous la régence de sa mère Guillemette de Montpellier assistée de Bermond de Vézenobre, bailli de Montpellier. Pons de Vézenobre et quelques chevaliers tentent de se révolter, mais doivent se soumettre.
En 1163, le comte RaymondV de Toulouse fait la paix avec RaimondIer Trencavel, vicomte d'Albi, de Béziers et de Carcassonne et oncle de Bernard Aton, dont il devient le protecteur.
En 1174, Bernard Aton est proclamé majeur et prend en charge le gouvernement de ses vicomtés. À Béziers, Carcassonne et Albi, c'est son cousin RogerII Trencavel qui gouverne, ayant succédé à son père Raymond, assassiné en 1167. En 1177, RaymondV de Toulouse tente d'occuper Montpellier, et Bernard Aton rejoint une coalition formée contre le comte de Toulouse et composé de RogerII Trencavel, GuilhemVIII, seigneur de Montpellier et AlphonseII, roi d'Aragon. En retour, RaymondV s'allie en 1179 à Aldebert d'Uzès et de Posquières, évêque de Nîmes, et à son frère Raymond d'Uzès et de Posquières, évêque d'Uzès. En 1180, le roi d'Aragon vient à Nîmes et Bernard Aton lui prête un serment d'allégeance.
Peu après, RaymondV assiège et prend Nîmes, et chasse le vicomte. La guerre reprend entre Toulouse et l'Aragon, et aboutit à un traité en 1185 qui, entre autres, rend Nîmes à Bernard Aton[2].
Mais le gros souci de Bernard AtonVI est le manque d'argent[style à revoir]. En 1179, il cède à Bérenger de Puisserguier les droits de péage sur la route entre Saint-Thibéry et Marseillan et entre Béziers et Narbonne, moyennant 2 000 sols melgoriens, qui lui permettent de payer des troupes contre le comte de Toulouse. En 1189, il engage ses biens à Loupian et le château de Marseillanau auprès de GuilhemVIII, seigneur de Montpellier et son épouse Agnès seigneur de Montpellier pour 10 000 sols melgoriens. En , il engage de nouveau Loupian pour 10 ans contre 20 000 sols melgoiriens. Il finira par céder ces biens au seigneur de Montpellier et à sa femme Agnès. Mais un peu avant la même période, il fait aussi donation de la vicomté d'Agde, auquel Loupian appartient, à l’évêque d'Agde pour se faire chanoine. L'évêque d'Agde fait alors allégeance à Raymond de Toulouse et fait donc entrer la vicomté d'Agde comme fief du comte de Toulouse. Après la mort de GuilhemVIII de Montpellier les seigneurs de Montpellier deviennent vassaux du roi d'Aragon, ennemi éternel du comte de Toulouse.
Il vend également une partie de son pouvoir aux bourgeois de Nîmes, qui élisent à partir de 1194 quatre consuls, lesquels siègent dans la Maison Carrée.
En 1214, ne pouvant plus rembourser ses créanciers, il vend ses vicomtés à SimonIV de Montfort et entre dans les ordres.
