Né à Beloeil[1], dans le diocèse de Saint-Hyacinthe,Bernard Hubert a fait son primaire auprès des frères maristes[2] puis il étudie au séminaire de Valleyfield. Il a poursuivi des études de théologie à Ottawa, au Séminaire universitaire. Celui-ci a fait des études complémentaires en France, à Paris, en sciences humaines et en chimie, à New York[3]. Ordonné prêtre le il décide de demeurer dans le diocèse de Valleyfield, où il enseigne la chimie pendant les années 1950 et devient directeur des élèves[4]. Guy Bélanger l'adjoignit en vicaire épiscopal.Tout en assumant la direction des activités de la paroisse de Valleyfield, Bernard Hubert était vicaire épiscopal de 1970 à 1971[5].
Bien qu’il ait passé une partie de sa vie dans les ordres religieux, il n’était pas destiné à devenir prêtre. Sa famille le voyait plutôt comme un avocat et la foi religieuse ne régnait pas dans sa famille. Autour de la table à manger, les sujets tabous, comme la sexualité, était habituelle. L’idée de devenir prêtre se développa qu’à ses 19 ans[6]. Lors de ces études, Bernard Hubert soutient qu’il a été entouré de prêtres avec de volontés nobles qui proposaient une vie intellectuelle riche[7]. Bernard Hubert est passé par la JÉC, la jeunesse étudiante chrétienne ainsi que l’ACGC, l’association catholique québécoise. C’est surtout auprès de la jeunesse étudiante chrétienne qu’il militera, laissant de côté l’association catholique québécoise[8].
À la fin des années 1960, il dirige les services aux étudiants de toute la province au centre d'animation, de développement et de recherche (C.A.D.R.E.)[4].
Bernard Hubert œuvra pour la place de la position de la femme dans l’Église. En 1981 il publie une lettre pastorale, afin de mettre en valeur des rapports plus égalitaire au sein de l’organisation[10]. Il promeut un dialogue entre les évêques et les diverses institutions qui relèvent des citoyens[11].
Ayant été reçu Officier de l'Ordre national du Québec en 1994[4], il meurt deux ans plus tard, le d'une crise cardiaque[4]. Il reçut ce titre en raison de ces idées innovatrices en matière de questions sociales. Il intervient au Centre Le Portage afin d’apporter du soutien pour des soucis de drogues et fait part de son expertise en matière d’environnement, notamment auprès de la Fondation québécoise[5].
En collaboration avec Paul Longpré, Bernard Hubert aborde la question religieuse ainsi que son enfance dans un ouvrage intitulé Malgré tout, l’Espoir, paru en 1994[7].
Son testament, intitulé Il faut que l'Église parle!, paraît en 1997[13].