Bobby Abreu est recruté le par les Astros de Houston. Après six années passées dans les clubs-écoles de l'organisation des Astros, il fait ses débuts en Ligue majeure le .
Transféré chez les Devil Rays de Tampa Bay à l'occasion de la draft d'expansion (), il est immédiatement échangé contre Kevin Stocker et se retrouve chez les Phillies de Philadelphie.
Bobby Abreu est transféré chez les Yankees de New York le à l'occasion d'un échange impliquant plusieurs joueurs[4].
Abreu devient agent libre après la saison 2008 marquant la sixième et dernière année de son contrat de 76 millions de dollars signé en 2002 avec les Phillies et repris par les Yankees. Le club du Bronx a même activé son option à 16 millions pour la saison 2008.
Il rejoint les Angels de Los Angeles d'Anaheim le en s'engageant pour une saison contre 5 millions de dollars[5]. Le , il signe une nouvelle entente de 2 ans pour 19 millions de dollars avec les Angels[6].
Après huit matchs joués pour les Angels en 2012, Abreu est libéré par le club le [7]. Le , il se joint aux Dodgers de Los Angeles[8].
Absent du jeu en 2013, il signe en janvier 2014 un contrat des ligues mineures avec son ancien club, les Phillies de Philadelphie, dans l'espoir d'un retour au niveau majeur à l'âge de 40 ans[9]. Il est retranché par le club et libéré de son contrat le [10], à quelques jours du début de la nouvelle saison.
Le , Bobby Abreu signe un contrat avec les Mets de New York pour évoluer en ligue mineure avec les 51s de Las Vegas[11]. Le , il est promu en Ligue majeure en remplacement d'Andrew Brown qui est envoyé à Las Vegas[12].
Abreu frappe pour ,248 avec un circuit et 14 points produits en 78 matchs des Mets en 2014, puis annonce sa retraite dans les derniers jours de la saison[13]. Au moment de quitter les terrains, le joueur de 40 ans était le meneur du baseball majeur parmi les athlètes en activité au chapitre des doubles et des buts-sur-balles[14]. Il réussit un coup sûr face aux Astros de Houston à son dernier passage au bâton le [14].