La ville est le théâtre de nombreux combats au cours de la guerre du Mali. Le , les djihadistes du Groupe de soutien à l'islam et aux musulmans tuent 15 militaires maliens dans une attaque contre une patrouille aux abords de la ville[1],[2]. Le , le camp militaire est pris d'assaut par les djihadistes et 40 à 85 soldats maliens sont tués[3]. Les 30 et , 50 et 60 combattants d'Ansarul Islam sont tués par les forces françaises près de Boulikessi[4],[5]. Le , le Groupe de soutien à l'islam et aux musulmans attaque Boulikessi, mais il repoussé par les forces franco-maliennes et laisse une trentaine de morts[6],[7]. Le , les djihadistes parviennent à reprendre le camp de Boulikessi et au moins 100 soldats maliens y trouvent la mort[8].