C'est en 1978 que Walter Gilbert évoqua pour la première fois le brassage d'exons en découvrant que l’existence d'introns pouvait jouer un grand rôle dans l'évolution des protéines. Il a été remarqué que la recombinaison au cœur des introns pouvait favoriser l'assortiment d'exons de manière indépendante. De plus, la présence de segments répétitifs au milieu des introns pouvait créer des zones favorables à la recombinaison afin de mélanger les exons. Cependant, la présence de ces introns chez les eucaryotes et leur absence chez les procaryotes a généré un débat à propos du moment où ces introns sont apparus. Deux théories ont émergé : celle dite "intron early" en anglais, et celle dite "introns late". Ceux qui supportent la théorie de l'"intron early" pensent que les introns et l'épissage de l'ARN seraient les reliques d'un monde basé sur l'ARN uniquement et donc que les procaryotes et les eucaryotes avaient tous des introns au début. Par la suite, les procaryotes auraient éliminé les introns afin d'avoir un meilleur rendement, alors que les eucaryotes auraient gardé les introns et la plasticité de leurs ancêtres. Parallèlement, ceux qui supportent la théorie de l'"intron late" pensent que les gènes des procaryotes sont proches des gènes ancestraux et que les introns apparurent plus tard dans les gènes des eucaryotes. Indépendamment de ces deux théories, il est clair que la structure exon-intron, exclusivement présente chez les eucaryotes, n'est pas figée; des introns sont continuellement insérés et retirés des gènes et l'évolution des introns est parallèle à l'évolution du brassage d'exons.
