Quittant Cincinnati après la saison 1995, Hunter évolue pour les Mariners de Seattle en 1996, ne joue qu'en ligues mineures avec des clubs affiliés à ces derniers en 1997[6], revient dans les majeures avec les Cardinals de Saint-Louis en 1998, puis fait un second séjour avec les Braves d'Atlanta en 1999 et 2000. Pour la troisième fois, il fait partie d'une équipe des Braves championne de la Ligue nationale et joue en Série mondiale 1999[2], finale qui se termine une fois de plus par une défaite d'Atlanta. Hunter termine sa carrière dans les majeures en partageant la saison 2000 entre Atlanta et les Phillies de Philadelphie.