Dès 1947, une organisation nationaliste palestinienne se met en place au sein des tribus bédouines afin de s’opposer au sionisme. Dès décembre 1947, les Bédouins attaquent les villages juifs et les convois de ravitaillement, attaques qui se multiplient début 1948. En mars, ils reçoivent des armes d'Égypte, dont des mitrailleuses et des munitions. Des Allemands les forment aux explosifs[4]. De nombreux sabotages ont lieu ; en représailles, les Israéliens détruisent les puits[4]. Dès l’entrée en campagne de l’armée égyptienne, des Bédouins la rejoignent et l’assistent[4]. En septembre, la brigade Yiftah reçoit l’ordre d’expulser les Bédouins. Les 23-25 novembre, l‘opération Lot est menée afin de renforcer le contrôle israélien sur le Néguev et s’emparer de l‘est du désert[4].
L’exode des Bédouins commence en mai 1948 : ils cherchent à éviter les zones tenues par les Arabes et se réfugient souvent dans la zone israélienne. Après guerre, ayant quitté leur lieu de résidence habituelle, ils sont considérés comme « absents » au titre de la loi sur la propriété des absents[4]. En octobre, certaines tribus demandent officiellement à pouvoir rentrer sur leur terres, acceptant la domination israélienne, de rendre les armes, de s‘engager dans l’armée israélienne, et de travailler. Le 2 novembre 1948, a lieu une réunion à Beersheba entre les officiels israéliens et les cheikhs de tribus qui souhaitent retourner sur leurs terres, acceptant la domination israélienne. Une nouvelle rencontre a lieu le 18 novembre. Ben Gourion nomme un comité aux affaires bédouines, dont sont membres Yossef Weiz, Yigaël Yadin, Yigal Allon, le représentant du front sud pour les affaires de District et le le commandant en chef du front sud. Trois tribus, comptant environ 9000 membres, sont autorisées à s‘installer autour de Beersheba. Après le retour d’un dernier groupe de 3000 Bédouins en avril 1949, après la signature de l’armistice avec l’Égypte, les Bédouins de Palestine vivant en Israël sont 17 500[4].
