La ville de Calimaya est fondée aux alentours du IXesiècle. En 1472, elle est conquise par les Mexicas tlatoani Axayácatl. En 1521, l'Espagnol Gonzalo de Sandoval s'empare de Calimaya et, en 1524, l'ordre franciscain y entreprend son œuvre d'évangélisation. En 1560, le vice-roi Luis de Velasco y Castilla désigne la ville comme centre de congrégation pour les communautés environnantes. En 1616, le comté de Santiago Calimaya est créé[3].
Le , la municipalité de Calimaya est établie, avec la ville homonyme pour chef-lieu. Le , la ville obtient le statut de ville et est rebaptisée Calimaya de Díaz González, en l'honneur du juriste Prisciliano María Díaz González, originaire de la région[3].
La tour de l'horloge de Calimaya est construite en 1910, durant la période révolutionnaire, dans le cadre des célébrations du centenaire de l'indépendance du Mexique, et symbolise l'identité de la municipalité. L'arche est érigée sur la place principale à l'aide de pierre et de pierre de carrière. L'horloge qui orne la rue principale de Calimaya est installée en 1920. Il y a en ville des rebozos (châles) traditionnels, confectionnés par des artisans de Calimaya. Il existe également une boisson traditionnelle, le tecuí, à base de fruits secs et frais. L'église paroissiale principale de Calimaya est dédiée aux saints Pierre et Paul et est attenante à la chapelle en plein air du Tiers-ordre, dédiée à saint François d'Assise. Ces édifices datent du XVIesiècle.
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