Carl Johannes With est né à Lemvig. Il est le fils de Nicolai Rasmus With et de son épouse Rasmine Sophie Dorothea With, mais est orphelin à l'âge de cinq ans[2].
N'étant pas convaincu que la zoologie puisse lui assurer un avenir sûr, il étudie la médecine, notamment à l'Institut Pasteur de Paris. Il participe à l'expédition franco-danoise contre la lèpre aux Antilles danoises en 1909, obtient son diplôme en 1911, puis commence à travailler comme dermatologue à l'hôpital universitaire et à l'hôpital municipal de Copenhague[2].
Il a épousé Inge Kiørboe le , et ensemble ils ont eu trois enfants[2].
Il est mort le à Skibstrup, dans la paroisse de Hellebæk (municipalité d'Helsingør)[3], alors qu'il travaillait encore sur une thèse sur le lupus[2].
