Recruté par l'organisation des San Diego Padres comme agent libre amateur le , Carlos Baerga est échangé aux Cleveland Indians le . Il débute en ligue majeure le et signe ses meilleures saisons entre 1991 et 1995. Onzième au classement du MVP de la saison en 1992, il est dixième à ce même challenge en 1993.
Contre les New York Yankees, le , Baerga frappe deux coups de circuit lors de la même manche (septième), le premier comme batteur droitier, le second l'autre côté du marbre. C'est un cas unique dans l'histoire des ligues majeures[1]. Le de la même année, il frappe trois home runs au cours du même match[2].
Échangé aux New York Mets le , il effectue deux saisons moyennes à New York avant d'entamer une course au contrat. Il tente sa chance chez les Saint-Louis Cardinals en janvier-février 1999, mais il n'est pas retenu dans l'effectif. Il joue en avril-mai en ligues mineures dans l'organisation des Cincinnati Reds, avant d'être libéré. Il s'engage alors avec les San Diego Padres avec lesquels il retrouve les terrains de Ligue majeure en disputant 33 matches. Les Cleveland Indians rachète alors son contrat et l'aligne en Ligue majeure à l'occasion de 22 parties. Libéré de son contrat à la fin de la saison 1999, Baerga repart à la recherche d'un poste de titulaire dans l'organisation chez les Tampa Bay Devil Rays, sans succès, et s'engage alors avec les Samsung Lions, en Championnat de Corée (2001).
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