Blessé, il manque la totalité de la saison 2008. Après une saison 2009 sans histoire (moyenne de 5,85 en 40 manches lancées), il remporte cinq victoires contre deux défaites en 2010 avec une moyenne de 3,67 en 68 manches et deux tiers au monticule.
En 2011, Janssen remporte ses six décisions sans jamais encaisser de défaite. Sa moyenne de points mérités est de plus excellente: 2,26 en 55 manches et deux tiers lancées.
Il enchaîne deux autres bonnes saisons. En 2012, sa moyenne de points mérités s'élève à 2,54 en 63 manches et deux tiers lancées lors de 62 sorties. En 56 apparitions en relève en 2013, il maintient une moyenne de 2,56 en 52 manches et deux tiers, avec quatre victoires et une seule défaite.
Après avoir retiré en moyenne 9,5 frappeurs adverses sur des prises par 9 manches lancées en 2012 puis 8,5 en moyenne en 2013, Janssen voit ce ratio passer à seulement 5,5 en 2014[1], sa dernière année de contrat avec les Jays. Sa moyenne de points mérités est cette année-là sa plus élevée depuis qu'il lance en relève: 3,94 en 45 manches et deux tiers lancées. Il apparaît dans 50 matchs, remporte 3 victoires et encaisse 3 défaites.
Nationals de Washington
Le , Janssen signe un contrat de 5 millions de dollars pour un an avec les Nationals de Washington[2]. Le contrat contient la possibilité d'une seconde saison à 7 millions de dollars, mais les Nationals paient 1,5 million pour mettre fin à l'entente après 2015[3].
Sa moyenne de points mérités s'élève à 4,95 en 40 manches lancées au cours d'une saison 2015 qui laisse à désirer avec les Nationals. Ces derniers renoncent
Padres de San Diego
Après une mauvaise saison 2015 à Washington, Janssen ne peut réclamer mieux qu'un contrat des ligues mineures, qu'il reçoit le des Padres de San Diego[4]. Il est cependant libéré de son contrat le , à une semaine et demie du début de la nouvelle saison[5].