Élu maire de Yozgat en 1984, Çiçek est nommé ministre d'État dans le gouvernement de Turgut Özal en 1987, charge qu'il assume jusqu'en 1991. En 1996, il est de nouveau nommé ministre d'État dans le cabinet de Mesut Yılmaz, mais ne reste au gouvernement que quelques semaines. Après la victoire de l'AKP aux élections législatives de 2002, Cemil Çiçek se voit confier le portefeuille de la Justice au sein du gouvernement d'Abdullah Gül; il conserve ce portefeuille dans le premier gouvernement de Recep Tayyip Erdoğan. En 2007, après la nouvelle victoire de l'AKP à l'issue des élections parlementaires, il perd le ministère de la Justice au profit du titre de vice-Premier ministre du second gouvernement d'Erdoğan.