Les limites au nord du Chaco Boreal sont floues, mais peuvent être approximativement situées au niveau du 16e parallèle sud (un critère très utilisé pour définir les limites septentrionales du Chaco Boreal est la ligne de partage des eaux : le côté correspondant au bassin du Río de la Plata est considéré comme appartenant au Chaco, tandis que le côté correspondant au bassin amazonien est considéré comme appartenant à l'Amazonie. Cependant, si ce critère a l'avantage de fournir une délimitation assez perceptible, il manque de précision sur le plan écologique, car au nord des limites du bassin amazonien s'étendent des biomes qui appartiennent incontestablement au Chaco).
Sa limite sud est délimitée par le río Pilcomayo (ou Araguay), ses limites orientales se situent le long du río Paraguay et du Grand Pantanal, tandis que ses limites occidentales sont délimitées par les Yungas, contreforts des Andes appelés cordillère orientale. La limite sud du Chaco Boreal est le río Pilcomayo qui le « sépare » du Chaco Central[1].
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