Opposé à la politique de la recherche promue par Jean Perrin et le Front populaire, il est nommé en par le gouvernement de Vichy, à l'âge de soixante-deux ans, administrateur à titre provisoire du Centre national de la recherche scientifique (CNRS), né un an auparavant. Dans son rapport de sur l'institution, il préconise le maintien de l'autonomie du Centre, mais au prix de réformes importantes sur le statut des chercheurs, dont il remet en cause le statut de «chercheurs à vie», ou sur les instances de décision du CNRS. Il propose ainsi la suppression des différents comités internes au Centre, critiquant ce qu'il appelle le «virus démocratique», au profit «d'une seule Direction» où les décisions seraient concentrées[3]. Il est nommé effectivement directeur du CNRS en , et démis de ses fonctions à la Libération en .
Il est président de l'Académie des sciences et de l'Institut de France pendant l'année 1949[4].
«Le pire des pignoufs, le dictateur féroce, le maître incomparable, suivant les opinions de ses détracteurs ou de ses thuriféraires (les «Jacobites»), Jacob n'a laissé aucun géologue indifférent devant lui pendant les années de son règne en Sorbonne. Pour ma part, si je n'ai guère eu à l'apprécier favorablement, je lui ai cependant toujours reconnu de très grandes qualités professorales[5].»
