Charles de Birague (en italien: Carlo Birago ou Carlo di/da Birago) était le cousin germain de René de Birague. Il était le fils de César de Birague (en italien Cesare da Birago) et de Laure de Turriane et le frère de Ludovic de Birague (en italien, Lodovico ou Luigi da Birago) .
Il était gouverneur de Savillan et gentilhomme ordinaire de la chambre du roi quand il a été naturalisé Français avec son frère Ludovic le [1].
Il obtint la charge de lieutenant-général au gouvernement de Piémont, sous le duc de Nevers, par commission le . Il fut nommé maréchal de camp le . En , il lança une expédition contre les Vaudois du marquisat de Saluces.
En 1574, il est chargé de la cession des places de Pignerol, Savillan, Labbaye, Gevolle et La Pérouse à la Savoie et de la récupération de l'artillerie qui se trouvait dans ces villes. Le duc de Nevers ayant refusé de rester plus longtemps gouverneur de Saluces, Charles de Birague fut nommé gouverneur de Saluces par provisions le .
En 1577, le roi décida de renouveler les cadres provinciaux. Charles de Birague a été alors nommé gouverneur des places en Piémont en , poste qu'espérait le maréchal de Bellegarde.
En Piémont, l'opposition entre Charles de Birague et le maréchal de Bellegarde a amené Charles de Birague à réparer les fortifications des places qu'il commandait. En 1579, Bellegarde n'ayant pas reçu le titre de maréchal de France a pris les armes contre Henri III et a attaqué le le marquisat de Saluces placé sous le gouvernement de Charles de Birague. Bellegarde prit Saluces et conserva la place jusqu'à sa mort en . Le gouvernement de la place de Saluces fut alors confié par le roi à Bernard de La Valette, grâce à l'appui de son frère, Jean-Louis de Nogaret de La Valette. Cela eut pour conséquence que César de Bellegarde prenne les armes pour s'emparer du marquisat de Saluces avec l'appui d'un capitaine originaire d'Avignon, Pierre Fangier d'Anselme. Finalement César de Bellegarde rend le marquisat Saluces au roi en 1581 et Bernard de la Valette en reprend possession.
En , le roi Henri III lui confia la mission avec l'évêque de Langres, Charles Pérusse des Cars, d'accompagner sa sœur Marguerite de Valois auprès de son mari, Henri de Navarre. À cette époque, le roi de Navarre a pour maîtresse la belle Corisande. À l'opposition entre les époux s'ajoutait le conflit entre protestants et catholiques. Henri de Navarre avait pris Mont-de-Marsan le et, en réponse, le maréchal de Matignon avait fait occuper Bazas, Dax, Saint-Sever, Condom et Agen par des troupes catholiques. Il participa avec Pomponne de Bellièvre, en , à des discussions qui durèrent jusqu'en avec Henri de Navarre pour qu'il accepta de recevoir son épouse et qu'un accord soit trouvé pour les villes occupées.
