Chemistry Development Kit
logiciel informatique
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Le Chemistry Development Kit (CDK) est une bibliothèque open source développée en Java pour la chémoinformatique et la bio-informatique [2]. Cette bibliothèque est disponible pour les systèmes Windows, Unix, et Mac OS X. CDK est distribué sous licence GNU LGPL.
Cet article ne s'appuie pas, ou pas assez, sur des sources secondaires ou tertiaires ().
| Développé par | Le projet CDK |
|---|---|
| Dernière version | 2.11 ()[1] |
| Dépôt | sourceforge.net/p/cdk/code/ci/master/tree et github.com/cdk/cdk |
| Écrit en | Java |
| Système d'exploitation | Multiplateforme (d) |
| Environnement | Multiplate-forme |
| Formats lus | Program database, Chemical Markup Language, MDL Molfile (en), Structure-data file (en), Format .xyz et Simplified Molecular Input Line Entry Specification |
| Langues | Multilingue |
| Type | Chemo-informatique/Modélisation moléculaire/Bio-informatique |
| Licence | Licence publique générale limitée GNU version 2.0 (d) et licence publique générale limitée GNU version 2.1 ou ultérieure (d) |
| Site web | cdk.github.io |
Historique
Le projet CDK a démarré en 2000 par Christoph Steinbeck, Egon Willighagen et Dan Gezelter, les développeurs de Jmol et JChemPaint, afin de créer une base de code commun à ces deux projets. Depuis, de nombreuses personnes ont contribué au projet, permettant le développement de nombreuses fonctionnalités détaillées ci-dessous.
Bibliothèque
La bibliothèque CDK ne comporte pas d'exécutable utilisable par les utilisateurs finaux. Toutefois, CDK a été intégré dans plusieurs logiciels afin de rendre ses fonctionnalités disponibles (par exemple, CDK-Taverna, Bioclipse et Cinfony).
Fonctionnalités principales
Chemo-informatique
- Édition et génération de molécules en 2D
- Génération de coordonnées 3D
- Recherche structurale (sous-structure ou structure exacte)
- Calcul de descripteurs QSAR[3] (e.g. PubMed 16959190)
- Calcul d'empreintes binaires (fingerprint)
- Calcul de champs de force
- Support de nombreux formats de fichier chimique
- Génération de structures
Bio-informatique
- Détection des sites actifs des protéines
- Détection de ligands similaires DOI 10.1016/j.jmb.2006.09.041
