En 80 matchs joués sur 3 saisons, de 2013 à 2015, pour Atlanta, Bethancourt frappe pour ,219 de moyenne au bâton avec deux circuits et 21 points produits. Son premier circuit dans les majeures est frappé le 6 juin 2015 face au lanceur Vance Worley des Pirates de Pittsburgh[3], et il brise une égalité de 4-4 pour procurer la victoire aux Braves en fin de 9emanche[4].
En 2015, on lui confie le poste de receveur à temps plein des Braves, mais le joueur de 24 échoue et connaît un si mauvais début de saison qu'il est renvoyé aux ligues mineures[5].
Le 10 décembre 2015, les Braves échangent Bethancourt aux Padres de San Diego pour le lanceur droitier Casey Kelly et le receveur de 17 ans Ricardo Rodriguez[6].