Entré au ministère des Affaires étrangères en 1983, Christophe Penot est nommé Deuxième secrétaire à l'ambassade de France à Hanoi. Appelé au protocole de la Présidence de la République, il reste à cette fonction de 1988 à 1991, avant d'être détaché auprès du Foreign and Commonwealth Office à Londres[2].
De 1996 à 2000, il est conseiller politique à l'ambassade de France au Royaume-Uni, puis, de 2000 à 2003, est détaché auprès de la Préfecture de la région Rhône-Alpes comme conseiller pour la coopération internationale auprès du préfet de région, Lyon. Premier conseiller à l'ambassade de France au Canada puis à l'ambassade de France au Japon, il est nommé en 2014 ambassadeur de France en Malaisie. Il quitte ce poste en 2017 pour devenir ambassadeur de France en Australie[3]. En octobre 2020, il est nommé « ambassadeur chargé de l’Indo-Pacifique »[4],[5]. Cette nomination s'inscrit dans la redéfinition géopolitique en cours dans laquelle la France ambitionne de faire entendre sa voix[6].