La première mention écrite de Holligen date de 1257. La commanderie des chevaliers teutoniques de Köniz en était à cette époque propriétaire. Il est probable qu'il y avait un château pour contrôler la route de Bümpliz à Köniz et administrer les terres. On en sait très peu sur ce bâtiment. Le bâtiment actuel a été érigé vers 1500 par l'avoyer de BerneWilhelm von Diesbach. Il a été construit dans le style des châteaux bourguignons, avec un donjon carré fait de blocs de pierre massifs et quatre tours dans les angles[1][sourceinsuffisante]. Un hall résidentiel avec une tour escalier a été ajouté vers 1575 pour Peter von Graffenried[2][sourceinsuffisante].
Une carte de Thomas Schöpf datant de 1577 et un plan de ville de 1623/24 montrent tous les deux le château entouré par un rempart et plusieurs petites tours. Entre le plan de 1624 et 1667, le château carré a été agrandi avec le prolongement du hall résidentiel vers l'ouest. Au XVIIIe siècle, le château a été rénové dans le style baroque. La façade et les fenêtres ont été refaites en 1765. Le deuxième étage a été transformé en grand hall de dimensions 14 × 12,5 × 5,6 mètres[1][sourceinsuffisante].
Entre 1991 et 1994, le château a à nouveau été rénové et des réparations ont été effectuées. Son propriétaire actuel est la fondation Turmstiftung Schloss Holligen qui entretient le bâtiment.