Le château a été construit sur l'une des collines de Bayil près de la côte de la mer Caspienne en 1232–33[3], pendant la vie de Fariburz, fils de Chirvanchah Garsasb, par l'architecte Abdul-Majid Masud oglu[4]. Au même moment, en 1232, cet architecte a également construit le château rond de Mardakan, qui faisait partie du système de défense intégré d'Abcheron, défendant la ville et le château de Bayil par le nord. Certains archéologues ont suggéré que le château appartenait aux Chirvanchahs[5].
Lors d'un tremblement de terre majeur dans la capitale de Bakou en 1306, le bâtiment s'est effondré et l'île s'est submergée et est restée sous l'eau pendant plusieurs siècles. Ce n'est qu'au début du XVIIIe siècle, lorsque la mer Caspienne s'est retirée, que la structure a refait surface. À cette époque, les pierres récupérées sur le site avec des inscriptions ont fourni des informations précieuses aux historiens.
Selon l'historienne azerbaïdjanaise Sara Achurbeyli, Sabayil est le château mentionné par Abdurrachid Al-Bakouvi, un géographe du XVe siècle qui a allégué que la structure avait été détruite lors de l'invasion mongole du XIIIe siècle.
Al-Bakouvi, originaire de Bakou, écrivait en 1430 dans son Kitab-talkhis el-asar ve el-melik el-gahha: "Bakou a deux châteaux, très solides, construits en pierre. L'un d'eux est très grand et sur le rivage de la Tour de la Vierge. C'est le château que les Mongols n'ont pas pu conquérir. L'autre est plus au large. Ses parties supérieures ont été détruites."
