Cléopâtre est une figure importante dans l'histoire de l'alchimie, précédant Zosime de Panopolis.
Michael Maier la cite comme étant l'une des quatre femmes ayant réussi à fabriquer la pierre philosophale, avec Marie la Juive, Madère et Taphnutia[7]. Cléopâtre est citée et tenue en haute estime par l'encyclopédie arabe Kitab-al-Fihrist en 988. On lui attribue l'invention de l'alambic[8]. Cherchant à quantifier les travaux, elle a travaillé sur les poids et mesures[9].
Trois texte alchimistes qui lui sont liés nous sont parvenus. Un texte intitulé un Dialogue entre Cléopâtre et les philosophes existe, mais ne peut lui être attribué avec certitude[2].
- Εκ των Κλεοπατρας περι μετρων και σταθμων. (Poids et mesures)
- Κλεοπατρης χρυσοποια (Chrysopée de Cléopâtre)
- Διαλογος φιλοσοφων και κλεοπατρας (Dialogue entre Cléopâtre et les philosophes)
La symbolique qu'elle utilise renvoie à la conception et à la naissance, à la transformation de la vie. L'alchimiste qui étudie son œuvre est comparé à une mère soignant son enfant[6],[5].
La Chrysopée est l'œuvre la plus reconnue de l'alchimiste, un simple papyrus contenant seulement des symboles et des dessins annotés, reportés ci-dessous. Une copie se trouve à l'Université de Leyde aux Pays-Bas[6] Chrysopoeia se traduit par "fabrication de l'or"[6].
Un exemple de représentation est le serpent mangeant sa propre queue, représentant le retour éternel, symbole appelé ouroboros : le cercle formé par le serpent est un emblème de l'unité du cosmos, ou de l'éternité, où le début et la fin sont confondus[3].
Toujours dans la Chrysopée se trouve une inscription dans un double anneau décrivant l'ouroboros:
« L'un est le serpent qui a son poison selon deux compositions, et Un est Tout et à travers elle est Tout, et par celui-ci est Tout, et si vous n'avez pas Tout, Tout est Rien. »
À l'intérieur de l'anneau sont inscrits les symboles pour l'or, l'argent et le mercure. On trouve aussi un dessin d'un « dibikos » et un instrument semblable à un kerotakis, deux appareils alchimiques[5]. Un autre symbole est l'étoile à huit branches. On pense que ce dessin d'étoiles et les formes de croissant au-dessus d'eux sont une représentation picturale de la transformation du plomb en argent[6].