En 2000, il frappe pour ,300 avec 65 points produits et une moyenne de présence sur les buts de ,400. Malgré une moyenne au bâton moins élevée (,276) en 2001, il connaît sa meilleure saison en offensive avec 155 coups sûrs, 26 coups de circuit, 103 points produits et 100 points marqués.
Après des saisons de 69, 69 et 71 points produits avec les Twins, le Canadien devient agent libre et signe un contrat de 17,5 millions de dollars pour 3 ans avec les Blue Jays de Toronto en .
Cependant, les blessures affectent son rendement à sa première année à Toronto. Il manque près de la moitié de la saison régulière, jouant dans 97 parties, et ne frappant que pour ,249. Cette faible production offensive et l'abondance de talent au troisième coussin amènent les Jays à échanger Koskie aux Brewers de Milwaukee le en retour du lanceurBrian Wolfe.
En 989 parties dans les majeures, Corey Koskie a frappé 936 coups sûrs et maintenu une moyenne au bâton de ,275 avec 124 coups de circuit, 506 points produits et 516 points marqués.