En 1582, un terrain du côté ouest du Bairro Alto, à Lisbonne, fut donné par ses propriétaires à l'Ordre Terceira de São Francisco, où existait la petite Chapelle de Mãe do Céu, et où, en 1595, l'Ordre fut fondé, avec le couvent de Notre-Dame de Jésus[2].
La construction de l'église de Nossa Senhora de Jesus attachée au couvent a commencé en 1615 et s'est achevée en 1623, avec le chœur inauguré en 1633[2].
Le tremblement de terre de 1755 a causé d'énormes dégâts au couvent et à l'église, et sa reconstruction a été réalisée sous la supervision des provinciaux de l'Ordre, le frère José Teixeira et le frère Francisco de Jesus Maria, et avec le patronage du futur marquis de Pombal[2].
Ayant atteint sa splendeur maximale à la fin du XVIIIe siècle, et avec l'extinction des ordres religieux, la communauté franciscaine du couvent a été contrainte de l'abandonner, qui a été occupée peu après par l'Académie des sciences de Lisbonne. Le Tiers-Ordre a conservé la propriété de l'Hospice du Tiers-Ordre de Jésus, qui a ensuite été agrandi et transformé, en 1930, en ce qui est aujourd'hui l'Hôpital de Jésus[2].
L'église du couvent est devenue, en 1835, le siège de la paroisse de Nossa Senhora das Mercês, devenant désignée église paroissiale de Nossa Senhora das Mercês et a fait l'objet d'importants travaux d'amélioration en 1840, et a été classée comme bien d'intérêt public en 1944[2].
En 1903, sur un terrain qui appartenait au couvent de Jésus, fut construit le lycée Passos Manuel, toujours en activité[2].
