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David Aganzo se forme dans les catégories inférieures du Real Madrid. Il débute en équipe première à l'âge de dix-huit ans sous les ordres de Vicente del Bosque[2].
Lors de la saison 1999-2000, il joue le 1/8e de finale de la Ligue des champions face aux Norvégiens de Rosenborg[3]. Le Real Madrid remporte cette Ligue des champions.