Pauley joue un total de neuf parties dans l'uniforme des Red Sox, trois lors de la saison 2006 et six en 2008, passant le reste du temps dans les mineures. En janvier 2009, les Sox le transfèrent aux Orioles de Baltimore, mais il ne portera jamais les couleurs de l'équipe. En , Pauley signe comme agent libre avec les Mariners de Seattle.
Mariners de Seattle
En 2010, Pauley est utilisé surtout comme lanceur partant, amorçant 15 parties pour Seattle. Il effectue de plus quatre sorties en relève. Le à Cleveland face aux Indians, il est crédité d'une victoire pour la première fois depuis son entrée dans le baseball majeur[1]. Il termine la saison avec un dossier victoires-défaites de 4-9, avec une moyenne de points mérités de 4,07 en 90 manches et deux tiers au monticule.
Tigers de Détroit
Le , Pauley et son coéquipier lanceur Doug Fister sont échangés aux Tigers de Detroit en retour des lanceurs Charlie Furbush et Chance Ruffin[2], du voltigeurCasper Wells, et du joueur de troisième but des ligues mineures Francisco Martinez[3]. Il perd deux matchs avec Detroit et sa moyenne de points mérités s'élève à 5,95 en 14 parties. Il termine la saison avec une moyenne de 3,16 en 74 manches lancées et 53 partis jouées au total pour les Mariners et les Tigers.
Libéré par les Tigers, Pauley se joint aux Angels de Los Angeles d'Anaheim le [5]. Il ne lance que 5 parties pour les Angels, encaissant une défaite.
Blue Jays de Toronto
Pauley est réclamé au ballottage par les Blue Jays de Toronto le . Il apparaît dans 5 parties et affiche une moyenne de points mérités de 9,95 en six manches et un tiers au monticule. Il redevient agent libre le . Le , il signe un contrat avec son ancienne équipe, Seattle.
