Distance de Bray-Curtis
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La distance de Bray-Curtis, ou indice de dissimilarité de Bray-Curtis, est utilisé en écologie et biologie pour évaluer la dissimilarité entre deux échantillons donnés, en termes d'abondance de taxons (phyla, espèces, OTUs...) présents dans chacun de ces échantillons[1]. Il porte le nom de ses auteurs, J. Roger Bray et John T. Curtis.
L'indice de Bray-Curtis est souvent appelé à tort une distance (« Une fonction de distance bien définie obéit à l'inégalité triangulaire, mais il existe plusieurs mesures justifiables de la différence entre des échantillons qui n'ont pas cette propriété : pour les distinguer des distances réelles, on les appelle souvent des dissemblances. »[2]). C'est donc parce que l'indice de dissimilarité de Bray-Curtis ne satisfait pas l'inégalité triangulaire qu'on l'appelle dissemblance pour éviter toute confusion. On trouve une implémentation logicielle pour les échantillons de grande taille dans le progiciel mothur[3].
L'indice de dissimilarité de Bray-Curtis est compris entre 0 (les deux échantillons ont la même composition) et 1 (les échantillons sont totalement dissemblables) [4]. Sur des échantillons où la distance est intermédiaire (par exemple 0,5), cet indice se différencie des autres indices communément utilisés[5].
Les indices de Bray-Curtis et de Jaccard sont similaires de par l'ordination de rang qu'ils donnent, mais l'indice de Jaccard est métrique et devrait donc être préféré à l'indice de Bray-Curtis par défaut qui est semi-métrique[6].
Il est nécessaire pour pouvoir calculer la dissimilarité de Bray-Curtis de ne considérer que les échantillons ayant la même taille (aire ou volume), car la dissimilarité de Bray-Curtis se base sur les abondances brutes et non pas relatives des différentes espèces présentes dans l'échantillon[1].
