Wiley est mondialement connu pour avoir trouvé de nouvelles façons d'aider le système immunitaire humain à combattre des fléaux viraux tels que la variole, la grippe, le VIH/sida et l'herpès simplex[6].
En 1990, il reçoit le Prix Louisa-Gross-Horwitz de l'Université Columbia. Ses recherches sont récompensées par le prix William B. Coley de l'Institut de recherche sur le cancer en 1993. Harvard qualifie Wiley de "l'un des biologistes les plus influents de sa génération". En 1999, Wiley et un autre professeur de Harvard, Jack L. Strominger, remportent le Prix japonais pour leurs découvertes sur la façon dont le système immunitaire protège les humains contre les infections[7].