Doudleby est arrosée par la rivière Malše, un affluent de la Vltava, et se trouve à 10 km au sud de České Budějovice et à 132 km au sud de Prague[4].
La commune est limitée par Plav, Heřmaň et Borovnice au nord, par Střížov à l'est, par Římov au sud et par Kamenný Újezd à l'ouest[5].