Le , le TPIY a émis un acte d’accusation contre lui pour son rôle dans le massacre de Srebrenica[2]. Il s'est rendu et a été transféré à La Haye le .
Le , la Chambre de première instance a rendu un verdict: Nikolić, en étroite collaboration avec Ljubiša Beara et Vujadin Popović, a participé à l'organisation de la détention et de l'exécution de prisonniers à l'école Ročević. Il a démontré sa détermination à mener à bien les tâches qui lui avaient été assignées dans cette opération meurtrière. Sa contribution à l'entreprise criminelle commune au meurtre a été persistante et déterminée.
Il a été reconnu coupable de complicité de génocide, d'extermination, de meurtre et de persécutions et condamné à 35 ans de prison[3].
Il était le chef de la sécurité de la brigade de Zvornik[4].
