De retour à Munich, il travaille pour Louis Braun, spécialisé dans l'exécution de fresques et panoramas, généralement des batailles ou des scènes historiques. C'est un travail alimentaire, pour lequel il fait embaucher le jeune Paul Herrmann. Par ailleurs, il commence à livrer quelques dessins humoristiques pour le supplément dominical illustré Münchner Humoristischen Blätter. Durant la tournée de Buffalo Bill en Europe en 1891-1892, Thöny fait partie de la troupe, sans doute comme assistant décorateur.
En 1896, Eduard Thöny est recruté par l'éditeur et homme de presse Albert Langen pour sa revue Simplicissimus. Il y produit jusqu'en 1944, plus de 2 500 pages de dessins.
Ses dessins, au départ férocement antimilitaristes, évoluent au fil des événements vers un nationalisme affirmé durant la Première Guerre mondiale, et ce, comme bon nombre de dessinateurs de presse de l'époque. Il eut une grande influence sur le caricaturiste Georges d'Ostoya, entre autres.
En 1933, il fait partie des dessinateurs les plus engagés du côté des idées véhiculées par le parti nazi. C'est lui qui nomme Adolf Hitler le professeur honoraire de l'Académie des beaux-arts de Munich.
Durant la guerre, il expose ses toiles et est regardé comme l'un des artistes les plus fidèles au régime et au service de la propagande nazie.
