Il est sous-chef du département monuments préhispaniques de l'Institut national d'anthropologie et d'histoire (INAH), de 1967 à 1974[3]. Dans la même période, il est aussi directeur de l'École nationale d'anthropologie et d'histoire (ENAH) de 1971 à 1973[3] ainsi qu'assesseur de l'Institut national indigéniste et secrétaire de la Société mexicaine d'anthropologie de 1971 à 1976[3].
Il est ensuite président du conseil mexicain d'archéologie en 1977[3], puis, successivement, directeur du centre de recherches et d'études supérieures en anthropologie sociale de 1982 à 1986[3] et directeur du Musée national d'anthropologie, à Mexico, de 1986 à 1987[3].
Pendant la période, de 1987 à 2000, où il fonde puis dirige le musée du Templo Mayor[3], il participe également à la « Comisión Dictaminadora » de l'institut de recherches anthropologiques de l'UNAM, de 1990 à 1993[3].
Il a coordonné de 1978 à 1982 un des projets archéologiques les plus importants du XXe siècle : les fouilles du Templo Mayor de Mexico-Tenochtitlan (Projet Templo Mayor)[3].
Il a initié en 1991 le Projet d'archéologie urbaine de la ville de Mexico qu'il dirige depuis[3].
Entre 1993 et 1994, il a coordonné le « projet spécial » Teotihuacan, qui a permis de fouiller la Pyramide du Soleil et de fonder le musée de la culture de Teotihuacan et le centre d'études de Teotihuacan, ainsi que son programme de bourses[3].
Il est l'auteur de 37 monographies et de 350 articles. Il a également coordonné 21 ouvrages et réalisé plus de 600 conférences[3].
Selon le Collège National du Mexique[4], ses publications les plus remarquables sont :
- Muerte a filo de obsidiana : Los Nahuas frente a la muerte, Secretaría de Educación Pública, 1975 (OCLC 1694943).
- Vida y Muerte en el Templo Mayor, Océano, 1986.
- Teotihuacan, la metrópoli de los Dioses, Lunwerg, 1990 (ISBN 8477820872).
- Los Aztecas, Lunwerg, 1989.
- La Casa prehispánica, Infonavit, 1999, (ISBN 970900400X).
- Las piedras negadas : de la Coatlicue al Templo Mayor, Secretaria de Educacion Publica, 1998, (ISBN 9701804333).
- Estudios Mexicas, Colegio Nacional, 1999, (ISBN 9706402012).
Il a été choisi pour mener les débats concernant la Mésoamérique entre quelques-uns des spécialistes mexicains les plus reconnus, tels que Miguel León-Portilla, Mercedes de la Garza, Yolotl González Torres ou María Teresa Uriarte, qui ont été conviés à présenter l'histoire de leur pays lors de la série d'émissions Discutamos México qui a été diffusée en 2010 sur la télévision mexicaine en honneur du centenaire de la révolution mexicaine et du bicentenaire de l'indépendance du Mexique.
Il obtient de nombreuses distinctions prestigieuses pour ses travaux. Il est, en particulier, le quatrième et dernier archéologue à avoir obtenu, en 2007, le prix national des sciences et des arts, qui est la plus haute distinction mexicaine[3]. Il obtient également en 2000 la plus haute distinction décernée par l'INAH, le titre de « Profesor de Investigación Científica » emeritus[5].
Il reçoit aussi un hommage solennel sous la forme d'un cycle de conférences sur sa vie et sur le centre du Mexique par notamment quelques-uns des plus importants de ses pairs. Ces conférences ont été publiées dans l'ouvrage intitulé Arqueología e historia del Centro de México. Homenaje a Eduardo Matos Moctezuma[6].
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