Au cours d'une période en tant que chef de poste du Fort Lyon, dans le Colorado, en 1864, Wynkoop encouragea les efforts de paix avec les Cheyennes. À leur contact et à celui des Arapahos, son opinion envers eux évolua grandement:
«J'ai senti que j'étais en présence d'êtres supérieurs; et ceux-ci étaient les représentants d'une race que j'avais jusque-là considérée comme cruelle, traître, sanguinaire et dépourvue de tout sentiment pour son prochain, ami ou parent[3].»
Son supérieur, le colonel John M.Chivington, le jugea trop complaisant avec les Cheyennes et les Arapahos. Wynkoop fut transféré en à Fort Riley, au Kansas, où il était en poste à l'époque du massacre de Sand Creek[3]. Au nom de l'armée américaine, il enquêta sur l'action du colonel John M. Chivington pendant la bataille de Sand Creek qui conduisit à la condamnation de ce dernier.
En 1866, Wynkoop devint agent indien pour les Cheyennes du Sud et les Arapahos. Il démissionna en pour protester contre la destruction du village de Black Kettle au cours de la bataille de la Washita[4]. Plus tard, il devint directeur du pénitencier du Nouveau-Mexique et mourut à Santa Fe le [5].
(en) Richard G. Hardorff, Washita Memories: Eyewitness Views of Custer's Attack on Black Kettle's Village, Norman, OK, University of Oklahoma, (ISBN0-8061-3759-2).
(en) Louis Kraft, Ned Wynkoop and the Lonely Road from Sand Creek, Norman, OK, University of Oklahoma, (ISBN978-0-8061-4226-5).
