Elias Cornelius Boudinot est né le 1er août 1835 à New Echota (en) , fils d'Elias Boudinot , personnalité influente de la nation Cherokee et éditeur du premier journal amérindien, le Cherokee Phoenix , et de sa femme blanche Harriet Ruggles Gold originaire du Connecticut [ 1] . Après l'assassinat de son père en 1839 pour avoir signé le traité de New Echota qui prévoyait la déportation des Cherokees dans le Territoire indien , Elias Cornelius Boudinot est envoyé dans la famille de sa mère, en Nouvelle-Angleterre [ 1] .
En 1853, il s'installe à Fayetteville en Arkansas et étudie le droit[ 2] . Il s'engage alors en politique, sous les couleurs du Parti démocrate [ 1] .
En 1861, lorsque l'Arkansas rejoint la Confédération au début de la guerre de Sécession , Boudinot aide son oncle Stand Watie à recruter des hommes parmi les Cherokees pour servir l'Armée confédérée [ 2] . Il s'élève au grade de lieutenant colonel et participe à plusieurs batailles dont celles de Pea Ridge et de Locust Grove (en) [ 2] . En 1863, il est élu délégué des Cherokees au Congrès des États confédérés [ 1] .
Elias Cornelius Boudinot épouse Clara Minear en 1885 et s'installe à Fort Smith en Arkansas[ 2] où il meurt le 27 septembre 1890 de dysenterie [ 1] .