Emmanuel Obbo est né le à Nagongera Parish de Pius Othieno et Pauline Awor, il a effectué le petit séminaire des apôtres de Jésus à Nadiket, puis entre dans la congrégation des apôtres de Jésus[1], fondée en 1968 en Ouganda pour l'évangélisation de l'Afrique noire. Il prononce sa profession le . Il est ordonné prêtre le à l'âge de trente-quatre ans. Il étudie de 1980 à 1982 puis jusqu'en 1986 la théologie à l'école de philosophie et de théologie des apôtres de Jésus[1].