Eric Becklin obtient son doctorat en physique au California Institute of Technology. Son directeur de thèse est Gerald Neugebauer et sa thèse porte sur l'observation infrarouge du centre galactique[2]. Membre du personnel académique depuis 1989, Becklin est professeur émérite de physique et d'astronomie à l'université de Californie à Los Angeles (UCLA). Nommé scientifique en chef de l'observatoire stratosphérique pour l'astronomie infrarouge (SOFIA) en 1996, il est le premier directeur de l'Infrared Telescope Facility (IRTF) de la NASA à Mauna Kea (à Hawaï), et principal chercheur du Kuiper Airborne Observatory (KAO).
Le , lors d'une cérémonie tenue au Neil A. Armstrong Flight Research Center, Becklin reçoit la médaille exceptionnelle du service public de la NASA (en) « pour son excellence en tant que pionnier dans le domaine de l'astronomie infrarouge et pour son rôle clé dans le succès scientifique du Stratospheric Observatory for Infrared Astronomy »[3]. Il reçoit la bourse Henry Norris Russell de l'Union américaine d'astronomie en 2017[4].
En 1966, Becklin et Gerald Neugebauer découvrent une source infrarouge exceptionnellement brillante au sein de la constellation d'Orion, connue aujourd'hui sous le nom d'objet de Becklin-Neugebauer[5]. Il est élu membre de l'Académie américaine des arts et des sciences en 2009[6].
En 1988, alors qu'il revient d'une mission d'observation aux observatoires du Mauna Kea, Becklin est passager du vol Aloha Airlines 243, qui subit une décompression explosive et doit effectuer un atterrissage d'urgence à Maui[7].
