De ce mariage, qu'il avait lieu en , naît une fille, Julie Manet, le .
Eugène Manet consacre beaucoup de temps à soutenir la carrière de sa femme et de son frère[5]. Berthe Morisot a rendu hommage à son mari à travers plusieurs tableaux, notamment dans Eugène Manet à l'île de Wight[6] (1875, huile sur toile, 38,1 × 46 cm, Paris, musée Marmottan Monet), et dans le tableau Eugène Manet et sa fille au jardin (1883, collection particulière)[3], où Eugène figure en compagnie de sa fille Julie.
Souffrant depuis de nombreuses années de syphilis pulmonaire, il meurt le . Son épouse Berthe Morisot, sans doute contaminée, s'éteint peu de temps après lui.
Eugène Manet peint par Edgar Degas et Berthe Morisot
Edgar Degas, Eugène Manet, 1874, collection particulière.